حفاظت در مرغداری‌ها مهم‌ترین مسأله در حفظ بهداشت و سلامت مرغ‌ها و افزایش بهره‌وری از تولیدات مرغی است. این حفاظت به عنوان جلوگیری از وقوع بیماری‌ها، حمل‌ونقل نادرست میکروب‌ها و باکتری‌ها، مقابله با عوامل محیطی ضار، و کنترل ورود افراد غیرمجاز به مرغداری انجام می‌شود.